Esimesed teated koolide tööst Alatskivi mail pärinevad aastast 1766. Aastaks 1810 oli külakoolide arv jõudsalt kasvanud. Töötasid Haapsipea, Naelavere, Suurlahe, Torila, Savastvere ja Lahepera kool. 1920.a. ühendati kõik ümbruskonna külakoolid Alatskivi 6-klassiliseks Kõrgemaks Algkooliks. Kool töötas lossis. Alatskivi kooli otseseks eelkäijaks võib pidada Alatskivi algkooli. 1928.a. ehitati mõisa valitsejamajale II korrus, kool kolis härrastemajja. Rajati kooliaed ja ümbruse haljasala.
1940.a. nõukogude okupatsiooni ajal muudeti kool 7-klassiliseks. Sõja ajal kasutas kooliruume ka sõjavägi. 1950.a. 25. oktoobril muudeti ENSV MN määrusega Alatskivi Mittetäielik Keskkool Alatskivi Keskkooliks. Avati 8. ja 9. klass.
1961.a. kevadel alustati uue koolimaja ehitamist. 1962.a. sügisel algas õppetöö uues majas. Samal aastal muudeti Eestis põhikool 8-klassiliseks. 1963.a. koondati Alatskivile osa Tartu rajooni õpihälvetega lapsi. 30. aprillil 1964, Juhan Liivi 100. sünniaastapäeval, anti ENSV valitsuse määrusega koolile JUHAN LIIVI nimi, mida kool kannab tänaseni. Kooli alumise korruse koridoris avati kodulooline ekspositsioon. 1975.a. mindi õppetöö korraldamises üle kabinetsüsteemile.
1977.a. rajati Kuningvere järvele ujula, mida kool kasutas kevadel ja sügisel. Valmis sai kooli staadion. 1983.a. alustati koolimaja ümberehitamist tsiviilkaitse vajadusteks reserv-sõjaväehaiglaks. 1989.a. said õpilased esmakordselt 9-klassilise põhikooli lõputunnistuse. Keskkool muudeti 12-klassiliseks. 1990.a. avati vanas koolimajas Alatskivi Muusikakool. 1992.a. likvideeriti abiklassid. 1993.a. valmis uus õppehoone - auto-traktoriõpetuse korpus. 1994.a. likvideeriti kooli internaat. 1998.a. sai kaasaegse vormi ja sisu meie arvutiklass, valmis kooli uus automaatkatlamaja ja ilmus kooli esimene kirjanduslik almanahh. 1999.a. jooksul on kapitaalselt remonditud ja taas kasutatavad igati kaasaegselt sisustatud füüsika ja keemiaklass.

Sajandi suurüritused

Kooli nimekamad vilistlased
Kirjanikud Juhan Liiv (1864-1913) ja Jakob Liiv (1859-1938)
helilooja Eduard Tubin (1905-1982)
Rapla kirikuõpetaja Joosep Liiv (1870-1959)
Sydney sümfooniaorkestri dirigent August Liiv (1882-1931)
muusikapedagoog ja dirigent Samuel Lindpere (1872-1928)
maalikunstnikud Arnold Simson (1899-1982) ja Albert Paap (1903-1987)
teadlased:
   agrokeemik professor Osvald Hallik (1906-1964)
   geograaf professor Eduard Markus (1889-1971)
   põllumajandusteaduste kandidaat Elmar Must (1934)
   inseneriteaduse magister, elektrooniktööstur Aksel Kiiss (1927-1995)
   geoloogiateaduste kandidaat Ülo Paap (1932)
   veterinaariadoktor Enn Ernits (1945)
   bibliograaf Ilmar Vene (1951)
   õigusteaduste professor Herbert Lindmäe (1930)
   veterinaariaprofessor Madis Aidnik (1946)
   tehnikateaduste magister Alar Kuusik (1970)
   filoloogiamagister Tiina Kukk-Halling (1956)
   ajalookandidaat Elmar Ernits
   veterinaariakandidaat Olev Vutt (1939)
   bioloogiakandidaat Ülle Kukk
   kunstikandidaat Ene Lamp
   autosportlane Mart Kongo (1950)
   vabamaadleja Ilmar Edela (1939-2004)
   motokrossisõitja Lembit Leidt (1935)
   ajaloo magister Endel Kuusik
näitlejad:
   Helmi Einer (1888-1968)
   Aksel Orav (1929)
   Liis Bender (1946-2005)
   Linda Kuusma (1939)
nahakunstnik Ülle Paap (1948)

Keskkooliaegsed direktorid:
1950-1952 - Maria Saarniit
1952-1955 - Maria Möll
1955-1956 - Margit Roostfeld-Ilves
1956-1958 - Margarita Gundobina-Tamm
1958-1997 - Karl Elken
1997-2003 - Urmas Laur
2003. aastast - Urve Lõhmus

Legendaarsed õpetajad:
Salme Adams(1901-1987) naiskodukaitse juht
Arseni Aarma (1908) noorkotkaste-, puhkpilli- ja koorijuht
Nikolai Kool(1881-1972) koolijuhataja
Margit Roostfeld-Ilves (1926) õppealajuhataja ja direktor
Saima Karm (1927) saksa keele õpetaja
Karl Elken (1932) füüsikaõpetaja ja koolidirektor
Õie Vill-Rungi(1924)matemaatikaõpetaja ja õppealajuhataja
Paul Vardja (1923-2004) õppealajuhataja ja puhkpilliõpetaja
Erich Uibo (1921-1984) ajaloouurija ja õpetaja
Elma Uibo (1930) muusikõpetaja, dirigent ja koorijuht
Lembit Kukk (1929) tööõpetuse õpetaja
Lembit Holst (1935-2005) kehalise kasvatuse õpetaja ja spordiedendaja
Virve Jõgeva (1932) matemaatika- ja rahvatantsuõpetaja
Õie Vene (1939-2006)eesti keele ja ajalooõpetaja
Elle Morozova (1940) vene keele õpetaja